L'Etoile mystérieuse fut le premier album à avoir sa forme définitive et à être imprimé en quadrichromie (en 1942). A cette époque, l'éditeur Casterman incite Hergé à remanier les anciens albums pour les mettre en couleur et l'oblige à passer dans le cadre des 62 pages (les anciens albums allaient de 100 à 130 planches). Avec le travail nécessaire pour refondre les albums, Hergé décidera même de créer Les Studios Hergé en 1950.

L'histoire de cet album est surtout marquée par l'utilisation du fantastique au tout début de l'histoire. Si Hergé a voulu utiliser ce thème, c'est parce qu'avec la guerre, il ne devait pas évoquer l'actualité, sous peine de tomber sous le poids de la censure.

La recherche d'un météore en pleine mer paraît donc très en retrait de la réalité. Pourtant, même si cette aventure à l'air d'être neutre, Hergé a tout fait pour que son oeuvre soit publiée en Belgique occupée de 1941. Il a donc utilisé l'autocensure à petites doses. Ainsi, les savants qui participent à l'expédition du Fond Européen de Recherche Scientifique (F.E.R.S.) sont soit des habitants de pays neutres, soit des habitants des pays de l'Axe. De plus, dans la toute première version de l'album, l'expédition concurrente, qui voyage sur le Peary, arbore le drapeau américain. Mais avec les méthodes que cette expédition utilise pour lutter contre le F.E.R.S. (sabotage, tentative d'assassinat, faux S.O.S) conduiront après la guerre, lors de la réédition en 1954, à remplacer le drapeau américain par celui d'un pays fictif imaginé par Hergé, le Sao Rico.

Hergé trouvera toujours deux défauts à cet album. Premièrement, le financier qui sponsorise l'expédition concurrente, du nom de Blumenstein avait une connotation juive. Le nom fut transformé en Bohlwinket mais le dessinateur découvrit plus tard que ce nom avait aussi une connotation israélite. Deuxièmement, Hergé se reprocha de ne pas avoir fait de maquette pour dessiner L'Aurore : Selon lui, ce bateau ne pourrait pas tenir la mer ; le dessinateur rectifiera le tir avec Le secret de la Licorne.